Habitaattikartoitusten tarkoituksena on arvioida ympäristön soveltuvuutta tiettyyn tarkoitukseen. Esimerkiksi koskialueilta voidaan kartoittaa taimenen lisääntymiseen ja poikasvaiheeseen soveltuvat alueet, selvittää mm. niiden laatu ja pinta-ala, sekä arvioida niiden riittävyyttä ja käyttökelpoisuutta. Habitaattikartoituksen avulla saadaan ympäristöstä ja sen tilasta tietoa, jota voidaan käyttää suunnittelun ja päästöksenteon apuna. Habitaattikartoituksista on korvaamatonta apua mm. käyttö- ja hoitosuunnitelmien laadinnassa, sekä kalakannan luontaisen lisääntymispotentiaalin arvoinnissa ja sen parempaan tuotantokykyyn tähtääviä toimenpiteitä valittaessa.

Lukuisat pienvedet, purot ja pienemmät joet, ovat vielä täysin kartoittamattomia kohteita. Näiden mahdollinen potentiaali kannattaa selvittää.